Ese mismo año regresó a China y trabajó como profesor en varias universidades chinas, entre las que se encuentran las de Zhongshan, Cantón y Yanjing. Luego fue decano de las facultades de Filosofía y de Letras de la Universidad Tsinghua. Durante la estancia en Tsinghua publicó su obra más conocida e influyente en dos volúmenes, Historia de la Filosofía China ( 1931 y 1934 ). En este trabajo, Feng exaltó la posición absoluta del Confucianismo en la historia filosófica china. Fue la primera obra que presentó y examinó la filosofía china desde un punto de vista influenciado por la filosofía occidental. Muchas nociones de la obra llegaron a ser conclusiones definitivas acordadas y aceptadas por los posteriores intelectuales chinos. El libro es calificado por muchos como la base de la historia filosófica china.

Antes de la fundación de la Nueva China, Feng Youlan escribió otra obra sobresaliente, Los seis libros Zhenyuan, entre los cuales el más famoso fue Neo- Lixue o Nueva filosofía racional (1939). Lixue fue la posición filosófica representada por un grupo de neo-confucionistas del siglo XII. Feng Youlan tomó ciertas nociones metafísicas de su pensamiento y el taoísmo, las analizó y desarrolló de una manera que debe mucho a la tradición filosófica occidental y creó la corriente de pensamiento metafísica neo-confuciana racionalista.

En 1946 Feng Youlan dio conferencias en la Universidad de Pennsylvania, EEUU, en calidad de profesor visitante. Luego recopiló sus disertaciones de ese periodo para publicar el libro Breve historia de la filosofía china.

El 1 de octubre de 1949 se proclamó la fundación de la República Popular China. Unos días después, Feng Youlan envió una carta a Mao Tse-tung, en que escribió: "estudié la filosofía feudal y di ayuda a Kuomintang. Ahora estoy decidido remodelar mi mente y empezar a estudiar el Marxismo." Expresó en varias ocaciones, tanto dentro de China como en el extranjero, que el Neo-Lixue "está en contra del Marxismo-Leninismo y el pensamiento de Mao Tse-tung". Escribió la Nueva recopilación de la historia filosófica china en dos volúmenes. En el movimiento de crítica a Lin Biao y Confucio (1973-1975) de la Revolución cultural, Feng Youlan publicó varios artículos para refutar el Confucianismo. En 1980, Feng comenzó a escribir de nuevo, relatando oralmente, la historia de la filosofía china. La obra se concluyó en 1989, un año antes de su fallecimiento, con el nombre de Nueva recopilación de la historia filosófica china. Este trabajo está orientado por el Marxismo y el concepto de la lucha de clases.