Una leyenda mongol acredita la invención del matouqin a un muchacho quien se llamaba Sükhe. Después de que un mal señor matara el caballo blanco del muchacho, el espíritu del caballo vino a Sükhe en un sueño y le enseñó a hacer un instrumento musical con el cuerpo del caballo, entonces los dos todavía podrían estar juntos y ninguno estaría solo. Entonces el primer matouqin fue hecho, con los huesos, el crin y la piel del caballo como el cuello, las cuerdas y la cubierta de su caja de resonancia de madera, respectivamente. Para memorizar el amigo del muchacho, la cabeza del instrumento obtuvo una forma de cabello.

En realidad, el matouqin se ha desarrollado del xiqin, un antiguo instrumento musical del noreste de China. Marco Polo obtuvo un matouqin visitando Yuanshangdu (la Capital Superior de la Dinastía de Yuan) en 1275 y lo llevó a Europa.