Una leyenda mongol acredita la invención del matouqin a un muchacho llamó Sükhe. Después de que un malo señor mata el caballo blanco del muchacho, el espíritu del caballo vino a Sükhe en un sueño y lo instruyó de hacer un instrumento del cuerpo del caballo, entonces los dos todavía podrían estar juntos y ninguno sería solo. Entonces primer matouqin fue montado, con huesos de caballo como su cuello, cuerdas de crin, la piel de caballo la cubierta de su caja de resonancia de madera, y su voluta tallada en la forma de una cabeza de caballo.

En realidad, el matouqin ha desarrollado del xiqin, un instrumento antiguo musical de China de noreste. Marco Polo obtuvo un matouqin visitando Yuanshangdu (la Capital Superior de la Dinastía de Yuan) en 1275 y lo tomó atrás a Europa.